首页城市公立医院综合改革启动以来，南昌市全面落实政府对公立医院的“6+1”投入责任，出台了《进一步完善城市公立医院财政投入的实施意见》，从政策层面固化政府投入责任，细化财政投入项目，与改革前相比，财政投入增长超过50%，财政投入占医院总收入比例超过20%，公立医院公益性质不断巩固。
一、创新建立取消药品加成财政补偿机制，树立正确改革导向。按照政策规定，公立医院取消药品加成减少的合理收入由调整医疗服务价格补偿85%，由财政补偿15%，没有让医院承担。在确定财政补偿部分时，南昌市参考各医院年度药品收入（不含中药饮片）实际发生额，结合各医院药占比下降幅度及药占比达标情况进行综合决算，在实际计算过程中设计了两套计算公式，药占比达标的医院还可以额外获得5%的奖励。各医院年度药品收入（不含中药饮片）实际发生额不作为直接分配决算依据，避免医院通过增加药品收入来获得更多的财政补助，鼓励医院降低药占比。
二、创新建立政府购买聘用人员岗位机制，推动实现同工同酬。在保障公立医院在编人员财政差额拨款的基础上，创新建立了政府购买聘用人员岗位制度，即由财政每年预算专项资金对各医院聘用人员予以补助，减轻医院人员经费压力，推动公立医院实现同工同酬。公立医院改革后，市级年度购买聘用人员岗位资金达到7000万元，并建立了逐年增长机制。大力推进公立医院人员总量管理试点工作，新增的人员总量财政按照规定予以经费保障。
三、高度重视公立医院人才投入，强化公立医院核心竞争力。全面树立“人才是第一生产力”的理念，加大公立医院人才引进培养的支持力度。市财政每年安排公立医院人才培养引进专项经费500万元，对于公立医院引进、培养高层次人才、短缺人才发生的费用按照不同层次给予不同比例的补助，强化公立医院人才队伍建设。
四、大力支持市级临床重点专科建设和信息化建设，提升临床服务能力。全面启动市级临床重点专科建设，围绕提升临床服务能力和辐射能力，出台了建设规划及管理办法，全市规划三年建设15个市级临床重点专科，每个临床重点专科投入300万元，合计投入约4500万元。创新启动“互联网+改善医疗服务行动”，围绕“智慧医院”建设，从2018年开始三年投入5000万元落实33项具体信息化建设任务，着力解决百姓就医过程中“堵点、难点”问题，着力解决群众在就医过程中的操心事、烦心事，让人民群众切实享受到“互联网+医疗健康”创新成果带来的实惠。
五、加大公立医院基础设施财政投入，建立公立医院建设新机制。建立“建设靠政府、运行靠服务”的补偿新机制，对于医院2019年以前的债务，由政府全额贴息，每年贴息资金超过3000万元，并建立了多渠道化解机制。对于医院2019年以后符合政府规划的基本建设，全部由政府承担予以保障，不允许医院举商业债建设。建立大型设备采购库，按照轻重缓急由财政给予投入，每年设备购置超过2000万元。目前，南昌市第一医院九龙湖新院项目约15亿元建设资金全部由政府解决。
六、对医院承担的公益性任务给予补助，巩固公立医院公益性质。市财政每年拨付资金超过200万元，对于公立医院承担的专项公共卫生任务给予补助，用于保障政府指定的紧急救援、救灾、对口支援、援外等公益性任务。资金按照各医院承担任务量分配，并专门出台方案明确用途。
七、对医院的政策性亏损给予兜底保障，去除公立医院后顾之忧。市卫生健康委每年会同市财政局聘请第三方会计事务所对公立医院进行财务审计，强化公立医院财务运行监管。对于公立医院因取消药品加成调整医疗服务价格补偿不足部分，经审定后由财政给予兜底保障。2019年，市属2所医院产生的政策性亏损合计350万元，全部由财政兜底保障。